Em 1783 abandona a profissão para se dedicar à carreira de cientista - já havia publicado artigos sobre experiências com fogo, luz e eletricidade. Em 1780 lança seu Plan de Législation Criminelle (Plano de Legislação Criminal), que é considerado subversivo pelo governo.
Um ano depois tem seu ingresso recusado na Academia de Ciências. Esses dois fatos dão início a seu desencanto com a aristocracia então no poder. Em 1789, ano da eclosão da Revolução Francesa, funda o jornal L''Ami du Peuple (O Amigo do Povo), em que se revela defensor das causas populares.
Condenado várias vezes, é visto como o porta-voz do partido jacobino, a ala mais radical da revolução. Considerado fora-da-lei, refugia-se na Inglaterra entre 1790 e 1791, retornando então a Paris. Quando os sans-culotte (massas populares), orientados pelos jacobinos, proclamam a república e instituem a Comuna de Paris como órgão executivo do governo, Marat é eleito um dos dirigentes.
No ano seguinte, Charlotte Corday militante do partido moderado dos girondinos, entra em sua casa e o assassina na banheira, a punhaladas.