Por volta de 1576 transfere-se para Toledo, centro religioso e cultural espanhol, cuja herança bizantina o influencia, assim como os mestres italianos e os últimos trabalhos de Michelangelo. Desenha peças religiosas e, na mesma época, pinta O Espólio para a catedral de Toledo.
Torna-se também pintor de retratos, caracterizados por cores vibrantes, perspectivas pouco usuais e figuras de contornos distorcidos e desproporcionais. A princípio mal interpretado, alguns críticos atribuem isso a um suposto defeito de visão do artista.
Sua obra mais famosa é O Enterro do Conde de Orgaz, pintado entre 1586 e 1588 para a Igreja de São Tomé, em Toledo, cidade onde o artista morre e na qual estão o Museu El Greco e a maioria de seus trabalhos.