Teria deixado a esposa grávida em Portugal e aportado em São Vicente, onde se alia aos índios locais, guaianases, e se casa com Bartira, filha de Tibiriçá, chefe da tribo. Os jesuítas o encontram por volta de 1550, e sua vida é descrita pelo padre Manuel da Nóbrega como promíscua: "Tem muitas mulheres. Ele e seus filhos andam com as irmãs das esposas e têm filhos delas.
Vão à guerra com os índios e suas festas são de índios e assim vivem andando nus como no costume indígena". João Ramalho é o guia de Martim Afonso de Souza nas entradas de reconhecimento do Planalto de Piratininga e no contato com tribos indígenas da região. Desempenha papel importante na formação de São Paulo, então povoado de São Paulo de Piratininga.
Auxilia os portugueses no combate aos índios tupiniquins e no trabalho de catequese e, pelos serviços prestados, recebe o título e os privilégios de capitão-mor.