Durante a década de 70, Hussein torna-se vice do presidente Ahmad Hassan al-Bakr e, em 1979, assume a Presidência, por meio de um golpe de Estado. No ano seguinte, ordena a invasão do Irã, por causa da disputa pela posse do Canal Chatt al Arab, dando início a uma guerra que dura até 1988. Ao fim dela, eclodem revoltas no Iraque: ao sul, rebela-se a comunidade xiita; ao norte, são os separatistas curdos.
As duas insurreições são violentamente reprimidas pelo governo, que chega a usar armas químicas proibidas por convenções internacionais. Invade o Kuweit em 1990, deflagrando a Guerra do Golfo. No final do conflito, o Iraque é proibido de vender petróleo, sua principal riqueza.
Em 1994, Hussein ameaça nova invasão ao Kuweit, mas é dissuadido pela ONU (Organização das Nações Unidas). Após expulsar do país os observadores da ONU que inspecionavam as possíveis fábricas de armas químicas, volta atrás na decisão, ao ser ameaçado de ataque pelo presidente norte-americano, Bill Clinton. Em 1998 começa a fazer tratamento contra um câncer.