Em 1941 acusa o governo monarquista de desvirtuar o caráter islâmico do país. É preso em 1963 por incentivar manifestações contra a Revolução Branca, campanha modernizante promovida pelo xá Reza Pahlevi, que inclui a reforma agrária e o direito de voto às mulheres. Em 1964 exila-se na Turquia e mais tarde no Iraque e na França, de onde comanda o movimento xiita (facção mais radical do islamismo), que derruba a monarquia iraniana em 1979.
No mesmo ano, retorna ao Irã e proclama a república islâmica, da qual é chefe religioso e político. Persegue intelectuais, comunidades religiosas rivais, partidos políticos e todos os que se opõem à união entre Estado e religião.
Obriga as mulheres a usar o chador, o véu sobre o rosto, proíbe músicas ocidentais e bebidas alcoólicas. De 1980 a 1988 chefia a guerra contra o Iraque, que ocupa áreas em litígio às margens do rio Chatt El-Arab. No fim da guerra, que produz cerca de 700 mil mortos, as fronteiras permanecem inalteradas. Em 1989 decreta sentença de morte ao escritor anglo-indiano Salman Rushdie, cujo livro Versos Satânicos julga ofensivo ao Islã.
Morre em Teerã e é substituído pelo aiatolá Ali Khamenei, que sofre campanhas de oposição por parte de estudantes em 1999.