Por exemplo, algumas espécies de vermes poliquetas (como Capitella capitatta) e moluscos com conchas, ocorrem naturalmente nos fundos marinhos lodosos. No entanto, quando estes fundos são submetidos à poluição orgânica (esgotos), estas espécies crescem e reproduzem em grande escala, gerando uma explosão populacional. Tornam-se portanto, indicadores biológicos da poluição orgânica. Sabendo deste fenômeno, quando vão diagnosticar ou monitorar uma região qualquer, os biólogos consideram de grande importância a presença de espécies indicadoras.
Com o crescimento descontrolado de algumas espécies resistentes e o desaparecimento de várias espécies sensíveis, o ecossistema reduz sua diversidade, bem como sua equitabilidade, ou seja, a distribuição de indivíduos para cada espécie torna-se menos homogênea. Quando um ecossistema é dominado quantitativamente por poucas espécies, ele normalmente encontra-se sob estresse (ambiental, biológico ou antrópico). Espécies indicadoras são na verdade aquelas que tem exigências ambientais específicas. Podem indicar não apenas poluição ou perturbações antropópicas, mas também a realidade ambiental em que vivem, a qual nem sempre é fácil de ser visualizada pelo pesquisador. Certos tipos de algas e animais, quando presentes nos costões rochosos indicam que eles são muito batidos pelas ondas. Animais de fundo com hábitos filtradores e comedores de suspensões, indicam que o fundo é predominantemente arenoso, enquanto que animais comedores de sedimento são típicos de fundos lodosos. Recifes de Corais são espécies indicadoras de águas sem variações de salinidade, quentes, e claras.