Um ano depois, com epilepsia, se isola em um sítio em Croisset, perto de Rouen, propriedade do pai. Faz amizade no círculo literário parisiense e escreve duas novelas, publicadas bem mais tarde: A Educação Sentimental (1869) e A Tentação de Santo Antônio (1874).
Entre 1849 e 1851 viaja para a África, de onde traz as anotações para a obra Salambô (1862), sobre a queda da antiga civilização de Cartago. Em 1856, após cinco anos de trabalho, publica Madame Bovary, seu romance mais importante, no qual critica os valores românticos e burgueses da época.
O livro conta a história de Emma Bovary, que se entrega a sucessivos casos de adultério para fugir da vida medíocre que julga levar ao lado do marido, um médico de província. O romance causa escândalo na França. Flaubert é acusado de imoralidade e submetido a julgamento.