At é usado quando queremos indicar a posição de algo em um ponto, ou quando pensamos em algum lugar como sendo um ponto:
We'll be meeting each other at the airport.
Turn justify at that costume shop.
On é usado quando queremos indicar a posição de algo em uma linha ou sobre uma superfície:
The book is on the table.
Her house is on the way from El Salvador to Norway.
In é usado quando queremos indicar a posição de algo dentro de espaço tridimensional, ou seja, quando este algo está completamente envolvido pelo lugar em que se encontra:
Your pen is in that wallet.
I think you'll find her in her office.
Notas: quando nos referimos a meios de transporte, sempre usamos on (I forgot my bag on the train). Quando nos referimos a endereços, usamos at quando damos o número (She lives at 103 Callahan Court), e in quando não damos o número (She lives in Callahan Court)
2. Tempo
Quando temos o tempo exato usamos at:
I always wake up at three o'clock.
Quando temos uma parte do dia usamos in (exceto at night):
I like to swin in the morning.
Quando temos dias usamos on:
I don't work on Sundays.
Quando temos feriados ou fins-de-semana usamos at:
She'll leave at Easter.
Nota: She'll leave on Easter Monday (dia).
Quando o caso não for nenhum dos citados, normalmente usamos in:
She was born in 1824.
That guy lived in the 17th Century.
My birthday is in July.