No ano seguinte, Perón é preso por militares descontentes com sua política, voltada para a obtenção de benefícios para os trabalhadores. Evita, então apenas a atriz Eva Duarte, organiza comícios populares que forçam as autoridades a libertá-lo.
Pouco depois se casa com Perón, que se elege presidente em 1946. Famosa por sua elegância e seu carisma, Evita conquista para o peronismo o apoio da população pobre, na maioria migrantes de origem rural a quem ela chamava de "descamisados". Morre aos 33 anos, de leucemia.
Embalsamado, seu corpo fica exposto à visitação pública até que, durante o golpe de Estado que derruba Perón em 1955, seus inimigos políticos sequestram o cadáver e o ocultam durante 16 anos. Em 1971, o corpo é devolvido por um oficial argentino ao ex-presidente em Madri, onde ele vive exilado.
Perón volta à Argentina em 1973 e é reeleito presidente, tendo a terceira mulher, Isabelita, como vice. Após sua morte, em 1974, Isabelita traz os despojos de Evita para a Argentina e os sepulta em Buenos Aires.