De volta ao Brasil, realiza uma polêmica exposição individual em 1917, com quadros como O Homem Amarelo , O Japonês e A Mulher de Cabelos Verdes. A mostra provoca violenta reação de críticos conservadores, e Anita Malfatti é atacada pelo escritor Monteiro Lobato, que escreve o artigo Paranóia ou mistificação?, publicado no jornal O Estado de S.Paulo.
A favor da artista reúnem-se Oswald de Andrade, Mário de Andrade, Di Cavalcanti, Guilherme de Almeida e outros. O grupo organiza a Semana de Arte Moderna de 1922. A artista realiza mostras individuais em Berlim, Nova York e Paris.
Participa da 1ª Bienal de Artes de São Paulo, em 1951, como artista convidada. A 7ª Bienal (1963) apresenta 45 trabalhos seus em sala especial. Morre no ano seguinte, em São Paulo. Entre suas principais obras estão Tropical (1916), A Estudante (1917), A Boba e Retrato de Mário de Andrade (1922).