Historicamente, a palavra passa a significar tudo o que transcende à física, porque nesses estudos Aristóteles examina a natureza do ser em geral e não de suas formas particulares, postulando a ideia de Deus como substância fundamental. As bases do pensamento de Aristóteles podem ser encontradas no platonismo. Para Platão, a filosofia é a única ciência capaz de atingir o verdadeiro conhecimento. Por meio da dialética, o filósofo aproxima-se das ideias puras, como a verdade, a beleza, o bem e a justiça. Na Idade Média, a metafísica confunde-se com a teologia.
O italiano santo Tomás de Aquino afirma que a metafísica estuda a causa primeira, e, como a causa primeira é Deus, ele é o objeto da metafísica. Na Idade Moderna a experiência passa a ser extremamente valorizada e a metafísica deixa de ser considerada a base do conhecimento filosófico. O escocês David Hume diz que o homem está completamente submetido aos sentidos, portanto não pode criar ideias, e não é possível formular nenhuma teoria geral da realidade. Para ele, ciência alguma é capaz de atingir a verdade, seus conhecimentos são sempre probabilidade.
No século XVIII, o alemão Immanuel Kant afirma que o domínio da razão e o rigor científico podem recriar a metafísica como conjunto dos conhecimentos dados apenas pela razão, sem utilizar os dados da experiência. Nesse sentido, a metafísica para Kant reduz-se ao estudo das condições e limites do conhecimento. No século XIX, o positivismo de Auguste Comte coloca a metafísica como uma ciência superada.
Segundo ele, a história da humanidade (e, por analogia, o conhecimento humano) passa por três períodos: o teológico, o metafísico e o positivo, ou científico, sendo que este último é superior aos anteriores. No século XX, o filósofo alemão Martin Heidegger faz uma revisão da história da metafísica e sustenta que ela confunde o estudo do ser, o verdadeiro objeto da filosofia, com outros temas, como a ideia, a natureza e a razão.