O personagem título é Mayer 'Capitão Birobidjan' Guiznburg, um judeu que chegou ainda menino da Rússia. Mayer era marxista e sonhava fundar uma nova Birobidjan [Birobidjan era o nome de uma colônia coletiva de judeus na Rússia], uma utopia socialista. Jovem, era muito rebelde, e deu muitos desgostos ao pai que lhe queria ver rabino. Tinha outros amigos marxistas, incluindo a jovem Léia com quem se casa. Após algum tempo abandona tudo e vai viver na propriedade de um desses amigos, que, como todos a essas alturas, já havia abandonado suas convicções.
Em Nova Birobidjan, como ele batiza sua terra, passa a viver para o trabalho acompanhado pelo Companheiro Porco, Companheira Cabra e Companheira Galinha, a última a qual ele não gostava por ser improdutiva, lia Rosa Luxemburgo e dava discursos a homenzinhos que só ele via. Depois de algum tempo aparecem inimigos, quatro vagabundos a quem ataca após ser atacado, e cuja amante coletiva passa a se tornar a segunda cidadã. Mais tarde ela sai de Nova Birobidjan e Mayer volta para casa. Ele se reforma, após algum tempo até mesmo abandona o ateísmo, e passa a trabalhar duro. Troca de ramo para a construção e enriquece, mas complica-se ao se tornar amante da secretária e acaba se divorciando após abandoná-la. Sua companhia vai à falência e ele acaba numa pensão [localizada no terreno de Maykir, sua antiga empresa, que por sua vez se localizava no terreno da Nova Birobidjan], onde tenta reiniciar Nova Birobidjan, mas acaba falhando.
Acuado, abandonado, triste, muito ligado à religião e quase sem esperança [os homenzinhos para quem discursava agora já eram só três], o Capitão Birobidjan tem um ataque do coração ao ensaiar uma resistência, mas como descobrimos no começo do livro, ele sobrevive. A história, no entanto, acaba aqui.
Contado em terceira pessoa, cada capítulo deste livro nos remete a um ano ou conjunto de anos. O primeiro e último é 1970, mas recua-se logo apara 1928, 1916, 1929, 1930... até voltar-se para 1970, contando sempre com o humor irônico e amargo de Scliar, a saga do Capitão Birobidjan, um louco humanista, Don Quixote do bairro do Bonfim de Porto Alegre, tentando construir uma sociedade melhor e coletivista, apesar de tudo e de todos que se opõe a ele, ridicularizado por todos aqueles a quem chama Companheiro, ele é um exército de um homem só lutando por um mundo mais justo que no final não vale a pena.