Amaro é designado para servir em Leiria, hospedando-se na casa da beata S. Joaneira, que tem uma bela filha, Amélia, que está acostumada a ver sua casa frequentada por padres [principalmente pelo cônego Dias, que as auxilia economicamente] que jogam baralho, fumam. Enfim, são homens normais, como todos os demais.
Embora noiva de João Eduardo, Amélia inicia um minucioso e interessante processo de sedução, envolvendo o jovem sacerdote, que, reciprocamente, atira também seus laços, cativando a moça. Enciumado, o noivo anonimamente publica em jornal um artigo em que ataca o clero e insinua o caso do padre Amaro com Amélia.
Amaro, para afastar suspeitas, consegue uma casa e muda-se, evitando encontrar-se com a moça. Mais tarde, descobre o autor do artigo e denuncia à jovem, colocando-a contra o noivo. Amaro volta a frequentar a casa de S. Joaneira, onde é recebidos por todos com entusiasmo.. O processo de recíproca sedução reinicia-se com intensidade. Amaro frequenta a casa com regularidade, Durante o jogo de cartas o braço de Amélia 'roçava o ombro do pároco: Amaro sentia o cheiro de água-de-colônia que ela usa com exagero.' Amaro saía sempre mais apaixonado por Amélia. A sua impaciência o levava a fazer acusações contra o Celibato e a Igreja. Já não dormia mais direito.
O relacionamento amoroso acaba acontecendo e a moça engravida. Como essa criança não deve viver, o padre contrata uma mulher para que isso não aconteça. A situação complica-se, causando a morte de Amélia. Posteriormente o padre, aparentemente sem remorsos, trata de sua transferência para Vila Franca, que fica mais perto de Lisboa. No último capítulo, 'nos fins de Maio de 1871', em Lisboa, quando a população agitava-se nas ruas com as notícias da comuna de Paris, o padre Amaro e o cônego Dias encontram-se e abraçam-se com alegria, comentando a transferência do padre e algumas 'fofocas' de Leiria.