Vista como obstáculo às reformas, a ordem foi expulsa do império em 1759. Para fortalecer seu governo absolutista, o marquês de Pombal comprou algumas boas brigas. A maior delas, provavelmente, foi contra a Companhia de Jesus, ordem religiosa fundada na França, em 1534. Pombal não nutria exatamente um sentimento antirreligioso. Buscava reduzir a influência do grupo, a parte mais poderosa da Igreja em Portugal. O ministro saiu vitorioso e, em 1759,conseguiu expulsar os jesuítas de todo o Império Português. A medida teve enorme repercussão no Brasil.
No ano da expulsão, os 670 membros da Companhia de Jesus que viviam aqui comandavam as principais instituições educacionais da colônia: os colégios jesuíticos. Além disto, os jesuítas mantinham sob sua tutela milhares de índios - só nas missões guaranis, que ocupavam um território hoje dividido entre Brasil, Uruguai, Paraguai e Argentina, chegavam a viver mais de 140 mil pessoas. Um dos argumentos usados por Pombal contra a ordem religiosa foi a recusa de jesuítas espanhóis em obedecer ao Tratado de Madri, de 1750, que os obrigava a entregar a Portugal as missões a oeste do atual Rio Grande do Sul.
Padre jesuíta Antônio Vieira, em gravura que o representa convertendo índios na Amazônia.
Segundo o marquês, os jesuítas incentivavam os índios a mergulhar numa rebelião contra os europeus que só seria controlada em 1767. No norte da América portuguesa, os religiosos bateram de frente com o governador do Maranhão e Grão-Pará, Francisco Xavier de Mendonça Furtado, irmão de Pombal. Organizados pelos jesuítas, os índios muitas vezes se recusavam a submeter-se às necessidades da coroa.
A expulsão da Companhia de Jesus foi acompanhada por uma vingança pessoal. Pombal denunciou o padre Grabriel Malagrida à Igreja por heresia, aproveitando-se do fato de que outro de seus irmãos, Paulo de Carvalho e Mendonça, era o inquisidor-mor de Portugal. Malagrida (que havia fundado o seminário Nossa Senhora das Missões, no Pará) era o maior inimigo do ministro entre os jesuítas. Condenado, o religioso foi enforcado e queimado em 21 de setembro de 1761.
Mesmo fora de Portugal, a ordem religiosa não foi deixada em paz por Pombal: continuou sofrendo com seus ataques, agora no campo diplomático. Em 1773, a Companhia de Jesus acabou extinta pelo papa Clemente XIV. Ela seria restabelecida em 1814, mas sem o mesmo poder político de antes.