O equilíbrio de poder no reino do Kongo passava periodicamente por momentos de instabilidade, em virtude das regras de sucessão ao trono. Em princípio, qualquer descendente do herói fundador, Nimi a Lukeni, podia propor sua candidatura. O novo Mani Kongo (senhor do Kongo) era escolhido por um conselho formado por representantes da aristocracia; entretanto, toda sucessão tinha um pouco de conquista, pois sempre havia dois ou três candidatos. Tornava-se rei quem garantisse o controle da capital, Mbanza Kongo, e dos emblemas reais. Os recursos naturais (e espirituais) das províncias eram mobilizados nessas disputas, já que os adversários eram, em geral, governadores provinciais indicados pelo rei anterior.
Quando os portugueses chegaram ao porto de Mpinda, em 1483, na foz do rio Congo, um setor da aristocracia congolesa percebeu logo na religião que os estrangeiros traziam uma possível vantagem nas disputas pela sucessão ao trono: um poder espiritual a mais a ser mobilizado contra outros pretendentes. Dois anos mais tarde, congoleses que haviam visitado Portugal contaram aos seus compatriotas os desenvolvimentos técnicos e militares dos europeus, assim como as capacidades do deus que cultuavam.
Isso foi suficiente para que o rei Nzinga a Nkuwa decidisse converter-se, sendo batizado como D. João I. Ele mudou o nome da capital, Mbanza Kongo, para São Salvador e pediu aos portugueses o envio de padres, para ensinar aos seus súditos a nova religião, e de mestres de ofícios, para adquirir a tecnologia exibida pelos portugueses em seus navios e armas.
D. João I enviou a Portugal diversos jovens da aristocracia para que fossem educados conforme os costumes europeus e, alguns, para que se ordenassem sacerdotes católicos.
A disputa pela sucessão de D. João I opôs, de um lado, um candidato cristão apoiado, inclusive militarmente, pelos portugueses, e, de outro, um grupo que desejava livrar-se dos europeus e de sua influência nos assuntos internos do reino. Depois de coroado, o candidato cristão, D. Afonso I, tentou modernizar o Kongo e inserir o reino, de forma independente, nas novas redes comerciais, culturais, religiosas e diplomáticas abertas pela navegação atlântica.
A etiqueta da corte foi adaptada aos padrões europeus, os nobres passaram a ostentar títulos de conde, duque ou marquês, a escrita foi incorporada ao controle dos impostos e aos registros administrativos, e o Mani Kongo passou a se corresponder com outros reis europeus e com o chefe da Igreja Católica no Vaticano.
As mudanças implantadas por D. Afonso I tinham como objetivo ampliar o poder da realeza e, num primeiro momento, foram bem sucedidas. No entanto, os reis seguintes passaram a enfrentar problemas cada vez maiores à medida que o tráfico de escravos tornava-se mais e mais importante em toda a região.
Quase todos os europeus que passaram a viver no Kongo, inclusive os padres, estavam profundamente envolvidos na compra de escravos para as ilhas atlânticas ou para as Américas. Com o aumento da demanda, multiplicaram-se conflitos entre aldeias, ataques aos povos que habitavam as fronteiras do reino, condenações ao cativeiro pelos crimes mais banais, além de raptos dentro da própria jurisdição do Mani Kongo. Os recursos obtidos com o tráfico eram mais e mais utilizados pelos governadores locais para ampliar seu poder frente ao rei; mesmo os Estados vizinhos que costumavam pagar tributo ao Mani Kongo passaram a enfrentar militarmente o seu antigo senhor.
Outro processo que modificou profundamente a sociedade kongo foi a cristianização, que seguiu um padrão comum a diversos espaços fora da Europa entre os séculos XVI e XVIII, como a China e a costa do Malabar, na Índia. Houve batismos em massa, e o número de padres nunca foi suficiente para ministrar os sacramentos e catequizar a população interessada.
Entretanto, a maioria dos súditos do reino via a adesão ao cristianismo como a mobilização de um poder espiritual entre outros; se as novas divindades (Cristo, a virgem e os santos) pareciam especialmente poderosas, isso nunca significou a negação dos demais poderes que compunham o campo religioso kongo (espíritos da água, as forças envolvidas na transformação do ferro, ancestrais, etc.).
Os emblemas de ambas as tradições, a local e a estrangeira, foram livremente misturados em diversas ocasiões, para desespero dos padres europeus, que viviam protestando contra os usos “heréticos” dos símbolos católicos. A influência dos padres, entretanto, era muito grande sobre Mbanza Kongo: o cargo de confessor do rei, sempre ocupado por um português ou outro europeu, foi incorporado formalmente à estrutura do Estado, integrando o colégio eleitoral que decidia os destinos da sucessão – o que demonstra o grau de ingerência obtida pelos portugueses na política interna.
O avanço da escravidão terminou por enfraquecer a realeza, desafiada por governadores de províncias que declaravam independência e por reis vizinhos que disputavam rotas de comércio de escravos. As sucessões ao trono tornaram-se cada vez mais problemáticas e devastadoras, resultando em uma situação de guerra civil permanente que produzia uma escravização em larga escala dos próprios súditos do reino, incluindo a aristocracia.
A confusão política avançava, e a capital terminou sendo abandonada. Os emblemas reais foram espalhados pelo território, divididos entre vários pretendentes ao trono que não conseguiam reunir apoios suficientes para impor o seu domínio sobre o território do reino.
No início do século XVIII, um movimento religioso liderado por D. Beatriz Kimpa Vita tomou de assalto o reino do Kongo. D. Beatriz, uma sacerdotisa treinada nas técnicas Kongo de cura, dizia estar possuída por Santo Antônio e incumbida de reunificar o reino e restaurar a capital. Os candidatos a Mani Kongo não se interessaram pela proposta desse movimento com receio de perderem o apoio da Igreja Católica, que o via como herético. Os súditos comuns do reino, ao contrário, aderiram à pregação de D. Beatriz com imenso entusiasmo.
Técnicas Kongo de cura - o campo da prática religiosa no reino do Kongo e nas regiões vizinhas de fala kikongo estava baseado no conceito de kindoki, termo que significa o poder de operar neste mundo através da interferência do outro mundo, em que habitavam ancestrais e divindades relacionadas a locais específicos, como montes, florestas e cursos d'água.
Em 1704, Dona Beatriz ocupou, com seus seguidores, a capital abandonada; dali enviava pregadores para espalhar sua mensagem por todo o reino. A cada dia, um número maior de pessoas acorria à cidade, à espera da restauração do reino, que nunca viria. Dona Beatriz foi presa por um dos pretendentes ao trono e queimada na fogueira, sob o olhar dos padres, em 1706. Seus seguidores, entretanto, permaneceram em São Salvador até 1714. A tomada militar da capital pelo pretendente ao trono preferido pela Igreja Católica não trouxe a paz nem a unidade ao reino.
Os sobreviventes do movimento foram escravizados – pelo menos sete mil foram embarcados para as Américas nos meses seguintes. A guerra civil prosseguiu, e muitos dos habitantes do Kongo continuaram a ser escravizados em razão das disputas militares entre os vários partidos da aristocracia até o fim do tráfico transatlântico de escravos, na segunda metade do século XIX.
