Sua linha política de defesa da sindicalização e dos direitos trabalhistas irrita os militares conservadores, que determinam sua prisão em 1945. Imensamente popular, Perón é libertado graças aos comícios organizados pela atriz de radionovelas Eva Duarte (Evita), com quem se casa pouco tempo depois. É eleito presidente em 1946 e promovido a general pelo Congresso.
Funda o Partido Peronista, proíbe as demais agremiações políticas e estabelece um governo autoritário e populista, baseado na conquista das classes de menor poder aquisitivo. É reeleito em 1951. No ano seguinte, Evita morre, o que enfraquece o poder de Perón e o leva a se indispor com diversos setores da sociedade, inclusive a Igreja Católica, que o excomunga por defender o divórcio.
Em 1953 é deposto e se exila na Espanha. Em 1971 volta à Argentina e dois anos depois se elege presidente pela terceira vez, tendo sua terceira mulher, Isabelita (Maria Estela Martínez de Perón), como vice. Morre de enfarte aos 78 anos, em Buenos Aires.