Em 1858 dirige a construção de uma ponte metálica para a estrada de ferro em Bordeaux. Após inúmeros trabalhos, em 1866 funda a própria empresa, tornando-se famoso pelos projetos com estruturas de ferro batido. Entre suas obras mais importantes desse período está a ponte sobre o rio Douro, na cidade do Porto, em Portugal, com um arco de aço de 160 m de altura.
Também é o responsável pela estrutura interna da Estátua da Liberdade, presente da França à cidade de Nova York, em 1886. Logo depois ocupa-se com a edificação da Torre Eiffel.
Concluído em 1889, para as celebrações do centenário da Revolução Francesa, o projeto consume 7.000 toneladas de ferro e, ainda hoje, é um símbolo da cidade de Paris. No início da década de 1890, Eiffel abandona a administração da construtora e dedica-se a experiências de aerodinâmica. Morre em Paris.