Presa várias vezes, exila-se na Inglaterra em 1984 e só retorna ao Paquistão em 1986. Com a morte de Zia em um acidente aéreo provocado por sabotagem em 1988, o partido de Benazir vence as eleições e ela se torna a primeira mulher a ocupar o cargo de primeira-ministro em uma nação muçulmana.
É acusada de corrupção em 1990, e o presidente Ishaq Khan dissolve seu gabinete. Após as eleições de 1993, Benazir reassume. A crise de seu governo aprofunda-se em 1996, quando seu irmão Murtaza Bhutto é morto pela polícia e Benazir acusa o Exército de envolvimento no crime.
Em novembro desse ano, é demitida pelo presidente Farooq Leghari, seu braço direito por 13 anos. Em 1998, a justiça paquistanesa emite ordem de prisão contra Benazir, acusada de distribuição ilegal de cargos durante o governo.
No mesmo ano, a justiça da Suíça a acusa de cobrar comissões pela assinatura de contratos entre o governo paquistanês e empresas suíças. Ela nega, mas tem as contas bancárias na Suíça congeladas. Em abril de 1999, é multada, tem os bens confiscados e é condenada à revelia a cinco anos de prisão por uma corte do Paquistão. Abriga-se em Londres desde o anúncio da sentença.