Torna-se mestre-de-capela e professor de música da Catedral da Sé do Rio de Janeiro, em 1798. Em 1808 é mestre de música da Capela Real, depois Capela Imperial. Seguidor do músico alemão Joseph Haydn, destaca-se como compositor e regente - é o escolhido para reger a missa em comemoração da elevação do Brasil a Reino Unido.
Deixa uma obra vasta, no começo típica do barroco, no final já com traços românticos, que chega a mais de 400 composições, entre missas, salmos, hinos, motetes, antífonas e também uma ópera, Le Due Gemelle (1808). Grande parte de sua obra se perde e outra parte é encontrada espalhada por diversas igrejas. De suas composições mais conhecidas destacam-se Missa em Si Bemol (1801), Zemira (1803) e Tantum Ergo (1809), missa fúnebre considerada obra-prima da música sacra brasileira.
Em 1819 rege o Requiem, de Wolfgang Amadeus Mozart, pela primeira vez no Brasil.