A limitação não o impede de continuar trabalhando na construção de igrejas, capelas e altares das cidades da região do ouro de Minas Gerais. Entre 1796 e 1805 executa sua obra-prima: o conjunto de esculturas Os Passos da Paixão e Os Doze Profetas, da Igreja de Bom Jesus de Matosinhos, na cidade de Congonhas do Campo.
O trabalho, que reúne 66 imagens esculpidas em madeira e 12 feitas de pedra-sabão, é considerado um dos mais representativos dobarroco brasileiro. Aleijadinho morre em Ouro Preto e permanece esquecido até o início deste século, quando é reconhecido como o artista mais importante do período colonial brasileiro.