Mas a fuga da mulher com outro homem muda sua vida. Entre 1850 e 1870 percorre o sertão trabalhando na reconstrução de igrejas e cemitérios, ouvindo pessoas e pregando o Evangelho. Entra em choque com as autoridades de Bom Conselho (PE), em razão da cobrança de impostos municipais, e passa a destruir os editais que a anunciam.
Critica a república, atribuindo ao novo regime a piora da vida dos pobres. Proibido pela Igreja de fazer pregação e perseguido pela polícia, embrenha-se no sertão nordestino. Milhares de sertanejos o seguem, até que se fixam no norte da Bahia, no Arraial do Bom Jesus, em 1874, e depois no Arraial do Belo Monte, em Canudos. Com quase 30 mil habitantes, a comunidade prospera e começa a inquietar os fazendeiros e a Igreja. Conselheiro morre em combate quando Canudos é destruído por cerca de 6 mil soldados do Exército.