Em 1526 torna-se professor da Universidade da Basiléia, mas é afastado do cargo por divergir das concepções médicas de seus contemporâneos. Em sua opinião, a medicina e a farmácia devem basear-se em leis físicas e químicas. Entende o corpo humano composto primariamente de sal, enxofre e mercúrio e atribui a ocorrência de doenças à separação desses elementos.
Para tratá-las, elabora remédios à base de substâncias como ópio, ferro e enxofre. É perseguido por muitos anos antes de obter a proteção do arcebispo Ernst, de Salzburgo, na Áustria, em 1541. Vive ali até morrer. A obra Paramirum (1530-1531), na qual destaca a importância da observação clínica do paciente, é considerada um de seus principais trabalhos.