Em 24 de dezembro de 1953, chega na Guatemala onde o presidente Jacobo Arbenz Guzmán iniciara um amplo programa de reforma agrária expropriando as terras da poderosa empresa norte-americana United Fruit. O governo dos EUA ameaçam intervir militarmente para garantir seus direitos. A 18 de junho de 1954, mercenários pagos pelos americanos invadem o país processando um golpe militar que derruba o governo constitucional de Arbenz e instala a ditadura do coronel Castillo Armas, fiel aos interesses exportadores da United Fruit, cujas terras são devolvidas. Segundo alguns autores, esta experiência será decisiva na definição política de Guevara.
Ele teria de sair imediatamente da Guatemala, pois tinha sido condenado à morte por ter apoiado o regime anterior.
Acompanha a leva de exilados que se dirigiam ao México (12 de setembro de 1954). Lá conheceu a peruana Hilda Gadea, marxista convicta com a qual Che casará em maio de 1955.
É no México também que encontra Fidel Castro (junho de 1955) e os cubanos do "Movimento 26 de Julho" exilados. Do México Fidel comandava a oposição ao regime ditatorial de Fulgêncio Batista totalmente pró-EUA. Mantinha a intensão de invadir Cuba e derrubar o governo do ditador.
Che como agora era chamado, devido ao uso dessa interjeição típica dos argentinos, integraria a futura expedição como médico, apesar das crises crônicas de asma que o acompanhavam desde os 3 anos de idade.
No dia 25 de novembro de 1956, 82 homens partem a bordo do velho iate Granma para invadir Cuba. Desembarcam no dia 2 de dezembro, e três dias depois são cercados e atacados pelos soldados numa emboscada, sobrando apenas 12 homens. Estes conseguem refugiar-se em Sierra Maestra onde tomam contato com os camponeses e a guerrilha se multiplica e ganha prestígio, tanto dentro como fora de Cuba, obtendo inúmeras ações vitoriosas contra as tropas do governo. Em 1957 Che é nomeado comandante da 2ª Coluna que se formou.
Em 1 de janeiro de 1959, Guevara toma a cidade de Santa Clara e em 8 de janeiro, Fidel Castro entra triunfalmente em Havana.
Che assume o Instituto Nacional de Reforma Agrária (INRA) e o Banco Nacional. As relações entre o governo de Fidel e os EUA tornam-se tensas a partir do momento que este tenta diminuir o domínio norte-americano sobre a economia cubana. Em abril de 1961 a CIA invadiu Cuba com um exército de mercenários e refugiados cubanos. Esta invasão à Baía dos Porcos resulta num fracasso total.
Che em 1961 transfere-se para a direção do Ministério das Indústrias. Discursa numa reunião da OEA em Punta del Este e denuncia o imperialismo americano e seu aliados. Em 19 de agosto de 1961 de passagem pelo Brasil é condecorado com a Ordem do Cruzeiro do Sul pelo então presidente Jânio Quadros que renunciaria uma semana depois.
Fidel declara-se socialista e aproxima-se da URSS recebendo dela misseis nucleares que poderiam atingir os EUA, é a "crise dos mísseis" de 1962, Kennedy ordena o bloqueio de Cuba pela Marinha e ameaça invadí-la. Sem consultar os cubanos, os soviéticos retiram os mísseis. Durante todo este período, escreve e publica suas principais obras.
Em 11 de dezembro de 1964 discursa na ONU onde oferece o apoio de Cuba para as lutas de libertação no Terceiro Mundo. Depois parte para a África onde toma um melhor conhecimento dos movimentos de libertação nacional africanos.
Em 1965 retira-se da vida pública e abandona os cargos que ocupava em Cuba e participa de alguns combates no Congo Belga entre agosto de 1965 e março de 1966.
Em setembro de 1966 chega à Bolívia para estabelecer um centro de treinamento de guerrilha, onde deveria servir de quartel-general tanto para revolucionários bolivianos quanto para aqueles que iriam chefiar revoluções em países vizinhos. A posição boliviana era estratégica pois ocupava geograficamente o centro do continente sul-americano.
Uma série de desentendimentos entre o PC boliviano e a guerrilha faz com que o primeiro retire o seu apoio, deixando Guevara e seus homens completamente isolados.
No dia 8 de outubro de 1967 trava o último combate contra o Exército no vale do rio Yuro, onde é ferido e capturado com vida. Em 9 de outubro é executado.
Guevara foi um teórico que colocou em prática as ideias do marxismo. Suas ações e ideias tiveram um papel fundamental nas lutas do Terceiro Mundo para libertarem-no do jugo do imperialismo e a modificação das estruturas sócio-econômicas vigentes.