Preside a junta militar que passa a governar o Chile e assume a Presidência em 1974. Fecha o Congresso, extingue os partidos e comanda uma feroz campanha de repressão aos adversários políticos, em que milhares de chilenos são presos, torturados ou mortos.
Em 1980 promulga uma nova Constituição, em que legaliza sua permanência no poder. A partir da década de 80, implanta uma política de liberalismo econômico que põe o Chile entre os países mais desenvolvidos da América Latina.
Em 1988 convoca um plebiscito para que a população referende sua continuidade no governo, mas é derrotado e entrega o poder, em 1990, ao presidente eleito Patricio Aylwin. Assume o cargo de senador vitalício, direito garantido pela Constituição por ele promulgada em 1980. Em 1998 vai à Inglaterra para tratamento de saúde.
A justiça da Espanha pede sua extradição para julgá-lo por crimes contra a humanidade. Desde outubro aguarda na prisão que a justiça britânica decida sobre a extradição. Em 1999, a justiça suíça também anuncia que pretende julgá-lo.